1、一般情況下，該機不得連續使用超過48小時；
2、一定要保證樣品*凍結成冰，否則將會造成殘留液體轉化為氣態而產生噴射；
3、冷阱溫度約為-65℃，可代替低溫冰箱，但為了防止凍傷必須戴好保溫手套進行操作；
4、出水閥擰緊與否和充氣閥是否關閉，必須是在啟動真空泵以前進行檢查，同時注意有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物并且密封良好；
5、盡可能擴大制備樣品的表面積，樣品中不應包括含有酸堿物質和揮發性的有機溶劑；
6、在冷凍干燥機冷凍樣品的過程中，溫度會逐漸降低，這時可以將仍處于冰凍狀態的樣品取出回暖一段時間后，在繼續干燥，這樣可以縮短干燥的時間。